pkaPS - Prediction of protein kinase A phosphorylation sites using the simplified kinase binding model

Estimation of the sensitivity of the pkaPS predictor
Self-consistency test

Accession	Site	Score	Sequence	Profile	T₁	T₂	T₃	T₄	T₅	T₆	T₇	T₈	T₉	T₁₀	T₁₁	T₁₂	T₁₃	T₁₄
P00523	16	2.84	---GSSKSKPKDPSQRRRSLEPPDSTHHGGFPASQTPNKTAA	2.85						-0.01	-0.00	-0.00				-0.00
P07248	230	2.70	SPEANVKRKYLKKLTRRASFSAQSASSYALPDQSSLEQHPKD	2.77								-0.01	-0.05	-0.00
P13569	737	2.70	LQMNGIEEDSDEPLERRLSLVPDSEQGEAILPRISVISTGPT	2.71			-0.00			-0.00	-0.00	-0.00
P69011	10	2.65	---------ARRRRSRRASRPVRRRRPRRVSRRRRARRRR--	2.73						-0.00	-0.00	-0.07				-0.01
P02714	370	2.60	MQLEPSEETPEKPQPRRRSSFGIMIKAEEYILKKPRSELMFE	2.70					-0.02						-0.04	-0.04	-0.00
Q12809	1137	2.59	ELPPGAPELPQEGPTRRLSLPGQLGALTSQPLHRHGSDPGS-	2.66										-0.00	-0.06
P69009	9	2.58	----------PRRRTRRASRPVRRRRPRRVSRRRRARRRR--	2.66						-0.00	-0.00	-0.07	-0.00			-0.01
P31323	113	2.52	ADAGAFNAPVINRFTRRASVCAEAYNPDEEEDDAESRIIHPK	2.61						-0.00		-0.01	-0.06	-0.01		-0.00
P31322	113	2.52	ADAGAFNAPVINRFTRRASVCAEAYNPDEEEDDAESRIIHPK	2.61						-0.00		-0.01	-0.06	-0.01		-0.00
P13861	98	2.49	EEDEDLEVPVPSRFNRRVSVCAETYNPDEEEEDTDPRVIHPK	2.50						-0.00		-0.01	-0.01
P07293	1854	2.46	RESVQGMASVPGSLSRRSSLGSLDQVQGSQETLIPPRP----	2.54										-0.07	-0.00
P07293	1757	2.40	APCQQPSTDPPERGQRRTSLTGSLQDEAPQRRSSEGSTPRRP	2.40
P00515	95	2.40	EDEEDLDVPIPGRFDRRVSVCAETYNPDEEEEDTDPRVIHPK	2.45						-0.00		-0.01	-0.03	-0.01
Q00536	153	2.37	TLNSPIFDKPLSRRLRRVSLSEIGFGKLETYIKLDKLGEGTY	2.54									-0.02		-0.10	-0.00	-0.04	-0.00
Q12972	199	2.37	TIEEGNLDIQRPKRKRKNSRVTFSEDDEIINPEDVDPSVGRF	2.37
P69011	6	2.37	-------------ARRRRSRRASRPVRRRRPRRVSRRRRARR	2.39						-0.01	-0.01	-0.01
P26285	466	2.35	KPTNNFPKSQTPVRMRRNSFTPLSSSNTIRRPRNYSVGSRPL	2.37								-0.00	-0.01		-0.00
Q13370	318	2.31	LGETAASYYGSCKIFRRPSLPCISREQMILWDWDLKQWYKPH	2.61								-0.10	-0.01	-0.05			-0.09	-0.05
P13834	697	2.30	EAAKDRRNIRAPEWPRRASCTSSSGGSKRSNSVDTSSLSTPS	2.36			-0.00		-0.02				-0.03
Q92736	2808	2.25	ERTREGDSMALYNRTRRISQTSQVSVDAAHGYSPRAIDMSNV	2.33						-0.02			-0.03		-0.02			-0.01
P16236	266	2.25	FLRDITEPITVKMQLRRPSDQEVSEPMDFRYLPDEKDPYGNK	2.52					-0.16		-0.02		-0.02	-0.02	-0.00	-0.00	-0.04
P29994	1756	2.22	QILVNRYYGNIRPSGRRESLTSFGNGPLSPGGPSKPGGGGGG	2.30											-0.07
P62807	32	2.21	SKKAVTKAQKKDGKKRKRSRKESYSVYVYKVLKQVHPDTGIS	2.35						-0.01	-0.04				-0.06	-0.02	-0.01
P10636	530	2.18	GYSSPGSPGTPGSRSRTPSLPTPPTREPKKVAVVRTPPKSPS	2.20		-0.01				-0.01
P07278	144	2.18	EKTSTPPLPMHFNAQRRTSVSGETLQPNNFDDWTPDHYKEKS	2.24						-0.00			-0.04	-0.02
Q99759	166	2.17	AGDINTIYQPPEPRSRHLSVSSQNPGRSSPPPGYVPERQQHI	2.18		-0.01
P15924	2849	2.14	SGSRSGSRSGSRSGSRRGSFDATGNSSYSYSYSFSSSSIGH-	2.15								-0.01			-0.00
P04625	29	2.14	LSEPEDTRWLDGKRKRKSSQCLVKSSMSGYIPSYLDKDEQCV	2.24							-0.01	-0.09			-0.00
P02646	22	2.14	SRDAAGEARPAPAPVRRRSSANYRAYATEPHAKSKKKISASR	2.34					-0.02				-0.02	-0.09		-0.07
Q16613	205	2.13	TFMELHCSLRGHPFLRRNSGC---------------------	2.27					-0.04	-0.02			-0.07	-0.01
P13834	7	2.13	------------PLSRTLSVSSLPGLEDWEDEFDLENSVLFE	2.19		-0.01	-0.02								-0.02	-0.01
P08034	233	2.12	RACARRAQRRSNPPSRKGSGFGHRLSPEYKQNEINKLLSEQD	2.16					-0.04	-0.01						-0.00
P08033	233	2.12	RACARRAQRRSNPPSRKGSGFGHRLSPEYKQNEINKLLSEQD	2.16					-0.04	-0.01						-0.00
P04775	623	2.12	DSRRDSLFVPHRHGERRPSNVSQASRASRGIPTLPMNGKMHS	2.42					-0.22	-0.06			-0.01				-0.00	-0.01
P11716	2843	2.09	KAREGEEERTEKKKTRKISQTAQTYDPREGYNPQPPDLSGVT	2.12						-0.02		-0.01
P04775	573	2.08	PHQSLLSIRGSLFSPRRNSRASLFNFKGRVKDIGSENDFADD	2.24										-0.08	-0.04	-0.04	-0.00	-0.00
P02253	35	2.08	TPVKKKAAKKPAGARRKASGPPVSELITKAVAASKERSGVSL	2.19					-0.04			-0.00			-0.07	-0.00	-0.00
P13569	768	2.07	PRISVISTGPTLQARRRQSVLNLMTHSVNQGQNIHRKTTAST	2.24							-0.02				-0.06	-0.07		-0.02
P20942	73	2.07	SPQSRDDKDSKERMSRKMSIQEYELIHQDKEDEGCLRKYRRQ	2.14							-0.02				-0.01	-0.04
P13569	795	2.07	VNQGQNIHRKTTASTRKVSLAPQANLTELDIYSRRLSQETGL	2.08			-0.00					-0.00						-0.01
P50571	434	2.05	RGLDRHGVPGKGRIRRRASQLKVKIPDLTDVNSIDKWSRMFF	2.29							-0.09				-0.03	-0.06	-0.04	-0.02
P19632	73	2.05	SPQSRDDKDSKERFSRKMSVQEYELIHKDKEDENCLRKYRRQ	2.16							-0.02				-0.00	-0.08
P02646	23	2.05	RDAAGEARPAPAPVRRRSSANYRAYATEPHAKSKKKISASRK	2.31					-0.04	-0.01	-0.07	-0.10	-0.03	-0.01		-0.01
P17542	172	2.03	EPDAFPMFTTNNRVKRRPSPYEMEITDGPHTKVVRRIFTNSR	2.45					-0.21	-0.06	-0.10				-0.02	-0.00	-0.01	-0.03
P17599	9	2.02	----------MNYLRRRLSDSNFMANLPNGYMTDLQRPQPPP	2.46					-0.16				-0.07		-0.09	-0.12
P09951	9	2.02	----------MNYLRRRLSDSNFMANLPNGYMTDLQRPQPPP	2.46					-0.16				-0.07		-0.09	-0.12
P02718	382	2.02	ADESEQPDWQNDLKLRRSSSVGYISKAQEYFNIKSRSELMFE	2.04					-0.02						-0.00
P43884	223	2.02	RQKTQKAPKAKPSLLRRVSTLANTLSRHTMQTTARALKRGHS	2.09						-0.03		-0.01	-0.01	-0.03
P18688	1018	2.01	TGIMQLKSEIKQVEFRRLSISTESQPNGGHSLGADLMSPSFL	2.10			-0.01			-0.04			-0.01	-0.02			-0.01	-0.01
P41181	256	2.01	KGLEPDTDWEEREVRRRQSVELHSPQSLPRGTKA--------	2.14							-0.04	-0.09			-0.00
Q05209	39	2.00	DHNGEDNFARDFMRLRRLSTKYRTEKIYPTATGEKEENVKKN	2.49							-0.17	-0.10	-0.21			-0.01
Q07343	133	1.99	SAGLVLHATFPGHSQRRESFLYRSDSDYDLSPKAMSRNSSLP	2.29							-0.16	-0.10		-0.02			-0.00	-0.01
P07953	32	1.99	KIWIPHSSSSSVLQRRRGSSIPQFTNSPTMVIMVGLPARGKT	2.19					-0.02	-0.01	-0.01	-0.00					-0.09	-0.05
P61013	16	1.96	---MDKVQYLTRSAIRRASTIEMPQQARQNLQNLFINFCLIL	2.12							-0.04		-0.01	-0.01			-0.04	-0.06
P69013	8	1.94	-----------ARRRRSSSRPIRRRRPRRRTTRRRRAGRRRR	2.03		-0.02				-0.00	-0.01	-0.04				-0.01
Q13002	715	1.92	SKISTYDKMWAFMSSRRQSVLVKSNEEGIQRVLTSDYAFLME	2.29							-0.03	-0.07	-0.04	-0.09			-0.08	-0.05
Q08289	533	1.92	QAEEEPSVEPVKKSQHRSSSSAPHHNHRSGTSRGLSRQETFD	2.08		-0.01			-0.02	-0.07		-0.01				-0.05
P04177	40	1.92	DAKQAEAVTSPRFIGRRQSLIEDARKEREAAAAAAAAAVASS	1.97						-0.00	-0.04		-0.00	-0.02
P02316	6	1.90	-------------PKRKVSSAEGAAKEEPKRRSARLSAKPAP	1.94					-0.02	-0.01
P05114	6	1.90	-------------PKRKVSSAEGAAKEEPKRRSARLSAKPPA	1.94					-0.02	-0.01
P00176	128	1.90	EYGVIFANGERWKALRRFSLATMRDFGMGKRSVEERIQEEAQ	2.09									-0.05			-0.14
P04167	128	1.90	EYGVIFANGERWKALRRFSLATMRDFGMGKRSVEERIQEEAQ	2.09									-0.05			-0.14
P04049	43	1.90	SSCISPTIVQQFGYQRRASDDGKLTDPSKTSNTIRVFLPNKQ	2.14					-0.16	-0.07				-0.00			-0.00	-0.01
Q16613	31	1.90	APRLPPGIPESPSCQRRHTLPASEFRCLTPEDAVSAFEIERE	1.96			-0.00					-0.01				-0.05	-0.01
P04004	397	1.89	YRSQRGHSRGRNQNSRRPSRATWLSLFSSEESNLGANNYDDY	2.10			-0.00								-0.14	-0.06
P07293	687	1.88	SLTSAQKAKAEERKRRKMSRGLPDKTEEEKSVMAKKLEQKPK	2.03						-0.06		-0.09
P02687	7	1.87	------------AAQKRPSQRSKYLASASTMDHARHGFLPRH	1.94			-0.00			-0.03	-0.01				-0.02	-0.01
P12928	43	1.87	KSALSGAPGGPAGYLRRASVAQLTQELGTAFFQQQQLPAAMA	2.00									-0.00	-0.10	-0.02			-0.01
P13569	660	1.85	SKLMGCDSFDQFSAERRNSILTETLHRFSLEGDAPVSWTETK	2.02			-0.01			-0.04	-0.01			-0.00		-0.10	-0.00	-0.01
Q96SB3	94	1.85	GGAGLAEAPRASERGVRLSLPRASSLNENVDHSALLKLGTSV	1.94		-0.02	-0.01				-0.05	-0.01			-0.00			-0.00
P49840	21	1.84	GGGPSGGGPGGSGRARTSSFAEPGGGGGGGGGGPGGSASGPG	1.93		-0.01				-0.01				-0.00	-0.07
Q28115	34	1.82	SSSEMVVGGRRLGPGTRLSLARMPPPLPARVDFSLAGALNSG	2.01		-0.01	-0.02				-0.01	-0.01			-0.06	-0.06	-0.01	-0.02
Q28115	7	1.82	------------MERRRVTSATRRSYVSSSEMVVGGRRLGPG	1.84					-0.02	-0.01
P35612	713	1.82	EGSPSKSPSKKKKKFRTPSFLKKSKKKEKVES----------	1.91		-0.01					-0.09
P04625	28	1.80	PLSEPEDTRWLDGKRKRKSSQCLVKSSMSGYIPSYLDKDEQC	1.98					-0.02		-0.00	-0.10	-0.03		-0.02
P07293	1772	1.80	RRTSLTGSLQDEAPQRRSSEGSTPRRPAPATALLIQEALVRG	2.43					-0.49	-0.12						-0.00		-0.03
O43566	260	1.80	KSFRRELGGTANAALRRESQGSLNSSASLDLGFLAFVSSKSE	1.88									-0.01	-0.06	-0.01			-0.00
O14965	288	1.79	LKIADFGWSVHAPSSRRTTLCGTLDYLPPEMIEGRMHDEKVD	2.08										-0.03	-0.04	-0.12	-0.09	-0.02
P00511	774	1.78	IDLDTSEHAHLEHISRKRSGEATV------------------	1.88					-0.04	-0.00		-0.01	-0.03	-0.02
P16638	454	1.77	FLLNASGSTSTPAPSRTASFSESRADEVAPAKKAKPAMPQDS	1.82		-0.01	-0.02							-0.02
P02261	19	1.77	SGRGKQGGKARAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYAER	1.90		-0.01									-0.10	-0.01
P50552	156	1.77	EQQKRQQPGPSEHIERRVSNAGGPPAPPAGGPPPPPGPPPPP	2.08					-0.22	-0.06				-0.00	-0.04
P69009	5	1.76	--------------PRRRTRRASRPVRRRRPRRVSRRRRARR	1.78						-0.01	-0.01	-0.01
O15153	982	1.75	EKDKKKKEDEKKKKKKKGSLDSDNDDSDCPYSEKVPSIKIPM	1.77		-0.01				-0.00
P04177	153	1.75	FEVPSGDLAALLSSVRRVSDDVRSAREDKVPWFPRKVSELDK	2.17					-0.16	-0.03		-0.07	-0.01	-0.12			-0.03
P07550	262	1.74	NLSQVEQDGRTGHGLRRSSKFCLKEHKALKTLGIIMGTFTLC	1.96					-0.00		-0.04	-0.10		-0.00		-0.01	-0.01	-0.05
P13569	700	1.74	TKKQSFKQTGEFGEKRKNSILNPINSIRKFSIVQKTPLQMNG	1.76						-0.00	-0.02			-0.00
O95644	245	1.73	ACTLLGSPRHSPSTSPRASVTEESWLGARSSRPASPCNKRKY	1.85		-0.02	-0.02			-0.00				-0.00	-0.05		-0.00	-0.01
Q07954	4520	1.73	FTNPVYATLYMGGHGSRHSLASTDEKRELLGRGPEDEIGDPL	1.83		-0.02	-0.01						-0.00	-0.06			-0.01	-0.00
O95477	1042	1.73	SKLKSKTSQLSGGMQRKLSVALAFVGGSKVVILDEPTAGVDP	2.00			-0.00					-0.09		-0.05	-0.13
P07550	346	1.72	RSPDFRIAFQELLCLRRSSLKAYGNGYSSNGNTGEQSGYHVE	1.86								-0.01	-0.07	-0.06	-0.01			-0.00
P19112	341	1.71	DVQEFLEIYNKDKAKSRPSLPLPQSRARESPVHSICDELF--	1.85		-0.02				-0.01	-0.01	-0.09					-0.00
P02718	383	1.71	DESEQPDWQNDLKLRRSSSVGYISKAQEYFNIKSRSELMFEK	1.85		-0.02						-0.10	-0.03
P05114	24	1.70	SSAEGAAKEEPKRRSARLSAKPPAKVEAKPKKAAAKDKSSDK	1.88		-0.03			-0.04	-0.08	-0.02	-0.00			-0.01	-0.00
P12798	26	1.70	AEVSWKVLERRARTKRSGSVYEPLKSINLPRPDNETLWDKLD	1.83		-0.02					-0.10		-0.00		-0.01		-0.01
P01100	362	1.69	TYPEADSFPSCAAAHRKGSSSNEPSSDSLSSPTLLAL-----	1.95					-0.02	-0.17			-0.02	-0.04
Q12809	283	1.69	CSLARTRSRESCASVRRASSADDIEAMRAGVLPPPPRHASTG	1.86					-0.02	-0.05		-0.01		-0.03		-0.05		-0.02
Q08289	534	1.67	AEEEPSVEPVKKSQHRSSSSAPHHNHRSGTSRGLSRQETFDS	1.73		-0.02	-0.01		-0.02	-0.00		-0.00				-0.01
Q92777	10	1.66	---------MMNFLRRRLSDSSFIANLPNGYMTDLQRPEPQQ	2.26					-0.16				-0.21	-0.01	-0.13	-0.07
P16452	247	1.66	TPQTQATQEGALLNKRRGSVPILRQWLTGRGRPVYDGQAWVL	1.87							-0.01	-0.04	-0.00	-0.03		-0.06	-0.00	-0.07
P06593	17	1.65	--SSSRPASSSSSRNRQSSQARVLAQTTLDAELNAEYEESGD	1.72		-0.01	-0.00				-0.01	-0.01			-0.04	-0.00
P04775	687	1.65	QLLPEGTTTETEIRKRRSSSYHVSMDLLEDPSRQRAMSMASI	2.08					-0.02		-0.14	-0.07			-0.08	-0.11		-0.00
P25054	2054	1.62	DDLLQECISSAMPKKKKPSRLKGDNEKHSPRNMGGILGEDLT	1.72		-0.01				-0.01	-0.09
P29475	852	1.61	RHPNSVQEERKSYKVRFNSVSSYSDSQKSSGDGPDLRDNFES	1.62		-0.01	-0.00						-0.00
Q05469	649	1.61	DRGLGVRAAFPEGFHPRRSSQGATQMPLYSSPIVKNPFMSPL	1.93		-0.02	-0.01		-0.02	-0.01			-0.06	-0.05	-0.04	-0.01	-0.07	-0.03
P22829	350	1.60	VKEVVRTDSLKGRRGRLPSKPKQPPDASPTNLLTSLIRAHLD	1.68		-0.01			-0.00	-0.03	-0.02						-0.01	-0.01
P15056	428	1.59	LTNVKALQKSPGPQRERKSSSSSEDRNRMKTLGRRDSSDDWE	1.63		-0.00	-0.01		-0.02	-0.01
P02687	160	1.59	GHDAQGTLSKIFKLGGRDSRSGSPMARR--------------	1.68		-0.03				-0.01			-0.02	-0.03		-0.00
P09201	11	1.59	--------PTLVNGPRRDSTEGFDTDIITLPRFIIEHQKQFK	1.80									-0.00	-0.06	-0.05	-0.10
P61224	179	1.57	LVRQINRKTPVPGKARKKSSCQLL------------------	1.62					-0.02		-0.00			-0.03
P02687	109	1.57	NIVTPRTPPPSQGKGRGLSLSRFSWGAEGQKPGFGYGGRASD	1.68		-0.03					-0.01	-0.01			-0.06	-0.00
P04049	259	1.57	NTSSPSSEGSLSQRQRSTSTPNVHMVSTTLPVDSRMIEDAIR	1.70		-0.02									-0.06	-0.06
P02542	35	1.55	FGGGTSPVFPRASFGSRGSGSSVTSRVYQVSRTSAVPTLSTF	1.73		-0.02	-0.03		-0.04					-0.01	-0.00	-0.02	-0.01	-0.07
P62807	14	1.54	-----PEPAKSAPAPKKGSKKAVTKAQKKDGKKRKRSRKESY	1.57		-0.01	-0.00		-0.00			-0.01		-0.01
P04176	15	1.53	----AAVVLENGVLSRKLSDFGQETSYIEDNSNQNGAISLIF	1.78			-0.00		-0.16	-0.06				-0.03	-0.00		-0.00	-0.00
P20152	24	1.53	SSSSYRRMFGGSGTSSRPSSNRSYVTTSTRTYSLGSALRPST	1.74		-0.02	-0.03		-0.02	-0.01	-0.06	-0.01		-0.03	-0.02			-0.02
P50552	238	1.53	AGAPGLAAAIAGAKLRKVSKQEEASGGPTAPKAESGRSGGGG	1.86					-0.00	-0.20	-0.02		-0.01	-0.08	-0.02
P08183	683	1.53	KRSTRRSVRGSQAQDRKLSTKEALDESIPPVSFWRIMKLNLT	1.64			-0.02			-0.00	-0.04				-0.03	-0.00	-0.01	-0.01
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