Tumor Endothelial Marker Report: TEM10, TEM20, TEM40 (alpha2(I) collagen)

TEM domain structure

	TEM domain structure

TEM Sequence Analysis

name from to source/E description

SignalP 1 22 SEG LCR(L)

18x Collagen triple helix repeats 25 1110 Pfam, E=1.1e-215, N=18 The region contains 18 copies of the PFAM collagen domain, the latter containing 20 copies of the G-X-Y repeat (first position of the repeat is glycine, the second and third positions can be any residue but are frequently proline and hydroxyproline). The region is involved in triple helix formation.

COLFI 1149 1365 Pfam, E = 6.3e-210 Globular domain found at the C terminus of fibrillar collagens. The exact function of this domain is unknown.

1366

	TEM Sequence Analysis

name	from	to	source/E	description
SignalP	1	22	SEG	LCR(L)
18x Collagen triple helix repeats	25	1110	Pfam, E=1.1e-215, N=18	The region contains 18 copies of the PFAM collagen domain, the latter containing 20 copies of the G-X-Y repeat (first position of the repeat is glycine, the second and third positions can be any residue but are frequently proline and hydroxyproline). The region is involved in triple helix formation.
COLFI	1149	1365	Pfam, E = 6.3e-210	Globular domain found at the C terminus of fibrillar collagens. The exact function of this domain is unknown.
1366

Remarks

	Remarks

DISTRIBUTION: Type I collagen is the major structural component of the ECM. The collagen fibers are composed of two alpha 1(I) chains and one alpha 2(I) chain that together form a unique triple helical structure.
TRANSCRIPTIONAL REGULATION: Transcription of the type I collagen gene is modulated by a wide variety of substances, such as retinoic acid, phorbol esters, prostaglandins, glucocorticoids and cytokines. TGFb is a potent stimulator of type I collagen gene activity and an important cytokine involved in ECM formation and remodeling.Synergistic cooperation between Sp1 and Smad3/Smad4 has been proposed to mediate the TGFb stimulation of COL1A2 transcription.Alternatively CTF/NF-I or AP1, are suggested to mediate TGFb stimulation of the COL1A2 promoter.
FUNCTION: Type I collagen is proposed to facilitate the active migration of endothelial cells, or the stabilization of the resulting tube.

Sequence Information

TEM TEM10=TEM20, TEM40

Reliability of Gen2Tag mapping

Cid->tag (Hs.179573) frequency:
tem10: CATG-TTTGGTTTTCC=226/475
tem40: CATG-GATGAGGAGAC=105/475
tem20: CATG-GTTCCACAGAA=54/475 tag occurrence in T-ECs:
tem10: CATG-TTTGGTTTTCC=139
tem40: CATG-GATGAGGAGAC=35
tem20: CATG-GTTCCACAGAA=9

Analysis
Output Created by a Suite of Single Sequence Analysis Techniques

Protein Description

SEQ SOURCE: sp|P08123|CA21_HUMAN COLLAGEN ALPHA 2(I) CHAIN PRECURSOR - Homo sapiens (Human)

PRO & TELOPEP 23 90 AMINO-TERMINAL PROPEPTIDE.

CHAIN 91 1102 COLLAGEN ALPHA 1(III)CHAIN.

PROPEP 1103 1366 CARBOXYL-TERMINAL PROPEPTIDE.

Protein Sequence

MLSFVDTRTLLLLAVTLCLATCQSLQEETVRKGPAGDRGPRGERGPPGPPGRDGEDGPTGPPGPPGPPGP PGLGGNFAAQYDGKGVGLGPGPMGLMGPRGPPGAAGAPGPQGFQGPAGEPGEPGQTGPAGARGPAGPPGK AGEDGHPGKPGRPGERGVVGPQGARGFPGTPGLPGFKGIRGHNGLDGLKGQPGAPGVKGEPGAPGENGTP GQTGARGLPGERGRVGAPGPAGARGSDGSVGPVGPAGPIGSAGPPGFPGAPGPKGEIGAVGNAGPAGPAG PRGEVGLPGLSGPVGPPGNPGANGLTGAKGAAGLPGVAGAPGLPGPRGIPGPVGAAGATGARGLVGEPGP AGSKGESGNKGEPGSAGPQGPPGPSGEEGKRGPNGEAGSAGPPGPPGLRGSPGSRGLPGADGRAGVMGPP GSRGASGPAGVRGPNGDAGRPGEPGLMGPRGLPGSPGNIGPAGKEGPVGLPGIDGRPGPIGPAGARGEPG NIGFPGPKGPTGDPGKNGDKGHAGLAGARGAPGPDGNNGAQGPPGPQGVQGGKGEQGPAGPPGFQGLPGP SGPAGEVGKPGERGLHGEFGLPGPAGPRGERGPPGESGAAGPTGPIGSRGPSGPPGPDGNKGEPGVVGAV GTAGPSGPSGLPGERGAAGIPGGKGEKGEPGLRGEIGNPGRDGARGAHGAVGAPGPAGATGDRGEAGAAG PAGPAGPRGSPGERGEVGPAGPNGFAGPAGAAGQPGAKGERGAKGPKGENGVVGPTGPVGAAGPAGPNGP PGPAGSRGDGGPPGMTGFPGAAGRTGPPGPSGISGPPGPPGPAGKEGLRGPRGDQGPVGRTGEVGAVGPP GFAGEKGPSGEAGTAGPPGTPGPQGLLGAPGILGLPGSRGERGLPGVAGAVGEPGPLGIAGPPGARGPPG AVGSPGVNGAPGEAGRDGNPGNDGPPGRDGQPGHKGERGYPGNIGPVGAAGAPGPHGPVGPAGKHGNRGE TGPSGPVGPAGAVGPRGPSGPQGIRGDKGEPGEKGPRGLPGLKGHNGLQGLPGIAGHHGDQGAPGSVGPA GPRGPAGPSGPAGKDGRTGHPGTVGPAGIRGPQGHQGPAGPPGPPGPPGPPGVSGGGYDFGYDGDFYRAD QPRSAPSLRPKDYEVDATLKSLNNQIETLLTPEGSRKNPARTCRDLRLSHPEWSSGYYWIDPNQGCTMDA IKVYCDFSTGETCIRAQPENIPAKNWYRSSKDKKHVWLGETINAGSQFEYNVEGVTSKEMATQLAFMRLL ANYASQNITYHCKNSIAYMDEETGNLKKAVILQGSNDVELVAEGNSRFTYTVLVDGCSKKTNEWGKTIIE YKTNKPSRLPFLDIAPLDIGGADHEFFVDIGPVCFK

SAGE-Tag CATG-TTTGGTTTTCC

EST/cluster Description

UNIGEN CLUSTER: Hs.179573 COL1A2

SEQ.SOURCE: gi|1418929|emb|Z74616.1|HSPPA2ICO H.sapiens mRNA for prepro-alpha2(I) collagen

MARKINGS: CDS in darkblue
tem10 Tag in red
tem40 Tag in mediumvioletred
tem20 Tag in darkmagenta

EST/cluster Sequence

AGCACCACGGCAGCAGGAGGTTTCGGNCTAAGTTGGAGGTACTGGNCCACGACTGCATGCCCGCGCCCGC CAGGTGATACCTCCGCCGGTGACCCAGGGGCTCTGCGACACAAGGAGTCTGCATGTCTAAGTGCTAGACA TGCTCAGCTTTGTGGATACGCGGACTTTGTTGCTGCTTGCAGTAACCTTATGCCTAGCAACATGCCAATC TTTACAAGAGGAAACTGTAAGAAAGGGCCCAGCCGGAGATAGAGGACCACGTGGAGAAAGGGGTCCACCA GGCCCCCCAGGCAGAGATGGTGAAGATGGTCCCACAGGCCCTCCTGGTCCACCTGGTCCTCCTGGCCCCC CTGGTCTCGGTGGGAACTTTGCTGCTCAGTATGATGGAAAAGGAGTTGGACTTGGCCCTGGACCAATGGG CTTAATGGGACCTAGAGGCCCACCTGGTGCAGCTGGAGCCCCAGGCCCTCAAGGTTTCCAAGGACCTGCT GGTGAGCCTGGTGAACCTGGTCAAACTGGTCCTGCAGGTGCTCGTGGTCCAGCTGGCCCTCCTGGCAAGG CTGGTGAAGATGGTCACCCTGGAAAACCCGGACGACCTGGTGAGAGAGGAGTTGTTGGACCACAGGGTGC TCGTGGTTTCCCTGGAACTCCTGGACTTCCTGGCTTCAAAGGCATTAGGGGACACAATGGTCTGGATGGA TTGAAGGGACAGCCCGGTGCTCCTGGTGTGAAGGGTGAACCTGGTGCCCCTGGTGAAAATGGAACTCCAG GTCAAACAGGAGCCCGTGGGCTTCCTGGTGAGAGAGGACGTGTTGGTGCCCCTGGCCCAGCTGGTGCCCG TGGCAGTGATGGAAGTGTGGGTCCCGTGGGTCCTGCTGGTCCCATTGGGTCTGCTGGCCCTCCAGGCTTC CCAGGTGCCCCTGGCCCCAAGGGTGAAATTGGAGCTGTTGGTAACGCTGGTCCTGCTGGTCCCGCCGGTC CCCGTGGTGAAGTGGGTCTTCCAGGCCTCTCCGGCCCCGTTGGACCTCCTGGTAATCCTGGAGCAAACGG CCTTACTGGTGCCAAGGGTGCTGCTGGCCTTCCCGGCGTTGCTGGGGCTCCCGGCCTCCCTGGACCCCGC GGTATTCCTGGCCCTGTTGGTGCTGCCGGTGCTACTGGTGCCAGAGGACTTGTTGGTGAGCCTGGTCCAG CTGGCTCCAAAGGAGAGAGCGGTAACAAGGGTGAGCCCGGCTCTGCTGGGCCCCAAGGTCCTCCTGGTCC CAGTGGTGAAGAAGGAAAGAGAGGCCCTAATGGGGAAGCTGGATCTGCCGGCCCTCCAGGACCTCCTGGG CTGAGAGGTAGTCCTGGTTCTCGTGGTCTTCCTGGAGCTGATGGCAGAGCTGGCGTCATGGGCCCTCCTG GTAGTCGTGGTGCAAGTGGCCCTGCTGGAGTCCGAGGACCTAATGGAGATGCTGGTCGCCCTGGGGAGCC TGGTCTCATGGGACCCAGAGGTCTTCCTGGTTCCCCTGGAAATATCGGCCCCGCTGGAAAAGAAGGTCCT GTCGGCCTCCCTGGCATCGACGGCAGGCCTGGCCCAATTGGCCCAGCTGGAGCAAGAGGAGAGCCTGGCA ACATTGGATTCCCTGGACCCAAAGGCCCCACTGGTGATCCTGGCAAAAACGGTGATAAAGGTCATGCTGG TCTTGCTGGTGCTCGGGGTGCTCCAGGTCCTGATGGAAACAATGGTGCTCAGGGACCTCCTGGACCACAG GGTGTTCAAGGTGGAAAAGGTGAACAGGGTCCCGCTGGTCCTCCAGGCTTCCAGGGTCTGCCTGGCCCCT CAGGTCCCGCTGGTGAAGTTGGCAAACCAGGAGAAAGGGGTCTCCATGGTGAGTTTGGTCTCCCTGGTCC TGCTGGTCCAAGAGGGGAACGCGGTCCCCCAGGTGAGAGTGGTGCTGCCGGTCCTACTGGTCCTATTGGA AGCCGAGGTCCTTCTGGACCCCCAGGGCCTGATGGAAACAAGGGTGAACCTGGTGTGGTTGGTGCTGTGG GCACTGCTGGTCCATCTGGTCCTAGTGGACTCCCAGGAGAGAGGGGTGCTGCTGGCATACCTGGAGGCAA GGGAGAAAAGGGTGAACCTGGTCTCAGAGGTGAAATTGGTAACCCTGGCAGAGATGGTGCTCGTGGTGCT CATGGTGCTGTAGGTGCCCCTGGTCCTGCTGGAGCCACAGGTGACCGGGGCGAAGCTGGGGCTGCTGGTC CTGCTGGTCCTGCTGGTCCTCGGGGAAGCCCTGGTGAACGTGGCGAGGTCGGTCCTGCTGGCCCCAACGG ATTTGCTGGTCCGGCTGGTGCTGCTGGTCAACCGGGTGCTAAAGGAGAAAGAGGAGCCAAAGGGCCTAAG GGTGAAAACGGTGTTGTTGGTCCCACAGGCCCCGTTGGAGCTGCTGGCCCAGCTGGTCCAAATGGTCCCC CCGGTCCTGCTGGAAGTCGTGGTGATGGAGGCCCCCCTGGTATGACTGGTTTCCCTGGTGCTGCTGGACG GACTGGTCCCCCAGGACCCTCTGGTATTTCTGGCCCTCCTGGTCCCCCTGGTCCTGCTGGGAAAGAAGGG CTTCGTGGTCCTCGTGGTGACCAAGGTCCAGTTGGCCGAACTGGAGAAGTAGGTGCAGTTGGTCCCCCTG GCTTCGCTGGTGAGAAGGGTCCCTCTGGAGAGGCTGGTACTGCTGGACCTCCTGGCACTCCAGGTCCTCA GGGTCTTCTTGGTGCTCCTGGTATTCTGGGTCTCCCTGGCTCGAGAGGTGAACGTGGTCTACCTGGTGTT GCTGGTGCTGTGGGTGAACCTGGTCCTCTTGGCATTGCCGGCCCTCCTGGGGCCCGTGGTCCTCCTGGTG CTGTGGGTAGTCCTGGAGTCAACGGTGCTCCTGGTGAAGCTGGTCGTGATGGCAACCCTGGGAACGATGG TCCCCCAGGTCGCGATGGTCAACCCGGACACAAGGGAGAGCGCGGTTACCCTGGCAATATTGGTCCCGTT GGTGCTGCAGGTGCACCTGGTCCTCATGGCCCCGTGGGTCCTGCTGGCAAACATGGAAACCGTGGTGAAA CTGGTCCTTCTGGTCCTGTTGGTCCTGCTGGTGCTGTTGGCCCAAGAGGTCCTAGTGGCCCACAAGGCAT TCGTGGCGATAAGGGAGAGCCCGGTGAAAAGGGGCCCAGAGGTCTTCCTGGCTTAAAGGGACACAATGGA TTGCAAGGTCTGCCTGGTATCGCTGGTCACCATGGTGATCAAGGTGCTCCTGGCTCCGTGGGTCCTGCTG GTCCTAGGGGCCCTGCTGGTCCTTCTGGCCCTGCTGGAAAAGATGGTCGCACTGGACATCCTGGTACGGT TGGACCTGCTGGCATTCGAGGCCCTCAGGGTCACCAAGGCCCTGCTGGCCCCCCTGGTCCCCCTGGCCCT CCTGGACCTCCAGGTGTAAGCGGTGGTGGTTATGACTTTGGTTACGATGGAGACTTCTACAGGGCTGACC AGCCTCGCTCAGCACCTTCTCTCAGACCCAAGGACTATGAAGTTGATGCTACTCTGAAGTCTCTCAACAA CCAGATTGAGACCCTTCTTACTCCTGAAGGCTCTAGAAAGAACCCAGCTCGCACATGCCGTGACTTGAGA CTCAGCCACCCAGAGTGGAGCAGTGGTTACTACTGGATTGACCCTAACCAAGGATGCACTATGGATGCTA TCAAAGTATACTGTGATTTCTCTACTGGCGAAACCTGTATCCGGGCCCAACCTGAAAACATCCCAGCCAA GAACTGGTATAGGAGCTCCAAGGACAAGAAACACGTCTGGCTAGGAGAAACTATCAATGCTGGCAGCCAG TTTGAATATAATGTAGAAGGAGTGACTTCCAAGGAAATGGCTACCCAACTTGCCTTCATGCGCCTGCTGG CCAACTATGCCTCTCAGAACATCACCTACCACTGCAAGAACAGCATTGCATACATGGATGAGGAGACTGG CAACCTGAAAAAGGCTGTCATTCTACAGGGCTCTAATGATGTTGAACTTGTTGCTGAGGGCAACAGCAGG TTCACTTACACTGTTCTTGTAGATGGCTGCTCTAAAAAGACAAATGAATGGGGAAAGACAATCATTGAAT ACAAAACAAATAAGCCATCACGCCTGCCCTTCCTTGATATTGCACCTTTGGACATCGGTGGTGCTGACCA TGAATTCTTTGTGGACATTGGCCCAGTCTGTTTCAAATAAATGAACTCAATCTAAATTAAAAAAGAAAGA AATTTGAAAAAACTTTCTCTTTGCCATTTCTTCTTCTTCTTTTTTAACTGAAAGCTGAATCCTTCCATTT CTTCTGCACATCTACTTGCTTAAATTGTGGGCAAAAGAGAAAAAGAAGGATTGATCAGAGCATTGTGCAA TACAGTTTCATTAACTCCTTCCCCCGCTCCCCCAAAAATTTGAATTTTTTTTTCAACACTCTTACACCTG TTATGGAAAATGTCAACCTTTGTAAGAAAACCAAAATAAAAATTGAAAAATAAAAACCATAAACATTTGC ACCACTTGTGGCTTTTGAATATCTTCCACAGAGGGAAGTTTAAAACCCAAACTTCCAAAGGTTTAAACTA CCTCAAAACACTTTCCCATGAGTGTGATCCACATTGTTAGGTGCTGACCTAGACAGAGATGAACTGAGGT CCTTGTTTTGTTTTGTTCATAATACAAAGGTGCTAATTAATAGTATTTCAGATACTTGAAGAATGTTGAT GGTGCTAGAAGAATTTGAGAAGAAATACTCCTGTATTGAGTTGTATCGTGTGGTGTATTTTTTAAAAAAT TTGATTTAGCATTCATATTTTCCATCTTATTCCCAATTAAAAGTATGCAGATTATTTGCCCAAAGTTGTC CTCTTCTTCAGATTCAGCATTTGTTCTTTGCCAGTCTCATTTTCATCTTCTTCCATGGTTCCACAGAAGC TTTGTTTCTTGGGCAAGCAGAAAAATTAAATTGTACCTATTTTGTATATGTGAGATGTTTAAATAAATTG TGAAAAAAATGAAATAAAGCATGTTTGGTTTTCCAAAAGAACATAT

Genomic Sequence Description

SEQ.SOURCE: gi|7939036|ref|NT_000452.2|Hs7_937 Homo sapiens 7q31-q32 sequence

ANALYSIS: Blast2n of the collagen mRNA against genomic DNA

MARKINGS: beginning and ending of the transcribed sequence marked in bold

TBRE in darkslategray
tem10 Tag in red
tem40 Tag in mediumvioletred
tem20 Tag in darkmagenta

Genomic Sequence

1 TGACGGCTGCCTGCTTCAAACCCTGCCACATCAGCAGGGAGGGAGCACAGCGGCATTTGG 61 TATTTGCATCAGTTTCCAGGAATGCTTTTCAAGTTATCAGTTCACTCTGCTGCCTTTAGC 121 AGAGACGTTTTCCCTCTAAGTTTATAGATGTCTGCTTCAATTTACAGTCCTCTAATTCTC 181 AAAAACTTGCTGAGGATTTTTCTTTTTTGGCTAAAAGAGAAATTATAATCACACTTCTAA 241 AAACATTCTATGTTTTAAACTATTTTGACAACAACAACAAAACCTACAATGAAATGTTTA 301 AAACTTGGGATATCTATTGCAAATCCAATGATTGAGCCAACTTGACCCCAGAAGCGTTAT 361 CAGATAACCTCACTGAAGGGTATTTGGAGGGTTTCTTTCATAAATCTGTTGCATTACCAC 421 CCTGAGTCATTTTGCTCAGAATTAGTCTCTGACTCTCAGCAACACAGGACAAATACACAC 481 ATATGCCCTGCAAAGGTAATTCAGCACAGTGGTAACAATGATTCTTAGAAATCATTTCTC 541 ACTCTTCTGATATGCAGAAAAAAATTTGTTATGATGTAGTATTGAAGTTTTTCTTTCCTG 601 ATAAAAATGATTTCCACTTTAAAAGTTTTTTGTTAGTTCTGTAACGGTGATATTTCAGGG 661 AAATGTTAAAAATGTTCTTGGAATATACAATTCAACCTCAGGTCTTTTGTTGTTGTTGTT 721 CCTAGAACCTAGAAAACTTCAAACATTGTTGCCTAGTTAGAAAAAAATTTGAATGTGGAT 781 TGCTCCCTGTAAACCCCCTTCTAGGAATGACCAGTAACCCTTTCAAATTCTTTCACTCCC 841 AGTTACTTCAAAAAATCATCCAAAGTGGTCTCCCAAGTGAGTGCCTTTAATTAGAATAAA 901 ACAAGAGTTTATTATAGTTTTTGGTTATCCACTTTTACTTGCATTAACCTTTTTTTCTTC 961 TTTTACATTTAGAAAGAGTAACCTGCTTTAGAATAGTCCCTTTTATTTACAGAAGCTGCT 1021 GATGGAGTTAACTTCTGCAGAAATTCTTCCTTAAGGCAAAGCAAAAAAAGCGGGGAGGGG 1081 GTGGGGGGAAGGAAGGGAAAAAGATTCTCAGGGAACTACAGCCCACTTGCTTCTGTTTCT 1141 TAGAGACAGAACTGACCTAAAGATGCCCCCTTTGCGATGACTTCTGGGATAGAGCAGCAC 1201 TCTAACTAGGCCCCCGCTGCCTCATGGGGACCTTAGGCAAGTAGAGGAGAGGCCTGACAC 1261 ACACACACACACACACACACACACGCACACGCGCGCGCGCGCACACACACACACACAGCC 1321 TTTCAAACCTAGGGCCTGGAATGCCATCCCAAGAGGCTTTAGAAAAAGGCACAGGACCTT 1381 TGGCCTCCCACCTCAGGGTCAAAGTACCAGTTCCTCCTCTCCCTAGTAGGGAGTGGAGGG 1441 TTGGATGGAGGCGGCCAGAGAAGAGGGAAGTTGGGTGCTGGGGAGAGAGTTAACATCCAC 1501 GTTGGTGGGCGCACTGCTTGGGGTGTTACCAGCGAAGACTACGAAGACCCCAAGCTCGAA 1561 TCAGAAGGGCCTCTGGATGTGCTAGGGGAGGTGCTTGGGTGTGGCTGTAAGAGATGGGAC 1621 AGAGAGTAAGCAGCAAGGTCAAGAGGGACCGGGGGGCTCACGGGAGGGTTGAAGGGTCCA 1681 GGCTCAGGGTAGAACTGGTAAATCCAGACAAGGAGCCCATGGAGAAGGGGAGGGGAGACT 1741 GGAAACCATGAAAGATCCCCCACCGCAGCCTCAGAAAGGAGAGACTGAGAAATAAGTTCT 1801 CGGTCTCCAGGTCGGTTGGAGTCGTGTCGGAGTGCCAGACCATCCCCCAAAAGACCCTCT 1861 TTGGAATGAGCCTCAGCAAAGGCAAGCTAGGAGGTCGAAGGACTTCCCCAGGTGACTCGG 1921 TCTAGTCTAGAGTTCGCAAAGCCTATCCTCCCTGTAGCCGGGTGCCAAGCAGCCTCGAGC 1981 CTGCTCCCCAGCCCACCTGCCAACAAAAGGCGCCCTCCGACTGCAACCCAGCCCTCCACA 2041 GACAGGACCCGCCCTTTCCCGAAGTCATAAGACAAAGAGAGTGCATCACTGCTGAAACAG 2101 TGGGCGCACACGAGCCCCAAAGCTAGAGAAAAGCTGGACGGGGCTGGGGGCGGGGTGCAG 2161 GGGTGGAGGGGCGGGGAGGCGGGCTCCGGCTGCGCCACGCTATCGAGTCTTCCCTCCCTC 2221 CTTCTCTGCCCCCTCCGCTCCCGCTGGAGCCCTCCACCCTACAAGTGGCCTACAGGGCAC 2281 AGGTGAGGCGGGACTGGACAGCTCCTGCTTTGATCGCCGGAGATCTGCAAATTCTGCCCA 2341 TGTCGGGGCTGCAGAGCACTCCGACGTGTCCCATAGTGTTTCCAAACTTGGAAAGGGCGG 2401 GGGAGGGCGGGAGGATGCGGAGGGCGGAGGTATGCAGACAACGAGTCAGAGTTTCCCCTT 2461 GAAAGCCTCAAAAGTGTCCACGTCCTCAAAAAGAATGGAACCAATTTAAGAAGCCAGCCC 2521 CGTGGCCACGTCCCTTCCCCCATTCGCTCCCTCCTCTGCGCCCCCGCAGGCTCCTCCCAG 2581 CTGTGGCTGCCCGGGCCCCCAGCCCCAGCCCTCCCATTGGTGGAGGCCCTTTTGGAGGCA 2641 CCCTAGGGCCAGGGAAACTTTTGCCGTATAAATAGGGCAGATCCGGGCTTTATTATTTTA 2701 GCACCACGGCAGCAGGAGGTTTCGGCTAAGTTGGAGGTACTGGCCACGACTGCATGCCCG 2761 CGCCCGCCAGGTGATACCTCCGCCGGTGACCCAGGGGCTCTGCGACACAAGGAGTCTGCA 2821 TGTCTAAGTGCTAGACATGCTCAGCTTTGTGGATACGCGGACTTTGTTGCTGCTTGCAGT 2881 AACCTTATGCCTAGCAACATGCCAATGTAAGTGCCTTCAGCTTGTTTGGGGGAGACTGGG 2941 TAGAGAGGTTAGATGGGAGGGCACCCTGCCCTGAAAAGGAAAACCTGTAACCTGAATTCC 3001 AGGTACACTTGGAGGGCAGACTCTCAGGCATGTGGGAAAACGCCGGAATTGATAAGAAAC 3061 ATGGAAATTACTTTAAAAAATGAAAACATAAAAGCCTTGCCAAAAGTTAGGGAACTTTTC 3121 CTCTAAGTTCAGAGTGAGACAGTTAACTCGGTCTGGCTCCTCAGCTTAGTAACCCCCAAA 3181 GGGAGCGGAAGGTCTTTTTCCCTAAGGATGAGATATTAACGACCAATGTGGTGGAGGAAG 3241 TCAAGGGCCTGCACCCCACAGGCCCCATAACCGCACTGATGTCCACCTTGTAAAACTTGA 3301 GGCCTGCGTTAGAAAGCCCTTCAACTGAGTAATGTAAAACTCACCTCCTAAGAGCTTTTA 3361 TCTTCTGGGCATTGTAAGGCTTGTCCGGAGGAGGAGGATGACGATGCTGATATGATGATG 3421 GTTATAAGGCGCCCTCTGGAGGAAGGAAAATGAAAGTACAGGGGACAGGGCCTTAAGCAG 3481 ATGGAATCCCAATTAAAGCTTCTACGGATTTATACAGATTAATGATCAGCATTTCTGGTT 3541 GGAGCCTTTCCCAGTGGCTAGTCAGTGAACCCTGGAAAGAAGAATGGATGCTACTTGGAG 3601 TGGGTACATTCTGAAAAGTAATATAAGTGTCTCAATTCACTTTCTAGTCATGGAAATGGT 3661 AACATTTTTTAACTCAAATCTGCTCTAAATTTTGTTTGAGCCTGAGAATTACCCCTTTGA 3721 CATGTTCCCAGTGATAAGCAAACATTATGAACGCAGCAAGTTGAGAAATATCAACATTGA 3781 GATGAGACTCAAGAGACCGGGGTTTTTCCCATGAGTCTGACACCAATTTGCTGCGTGACT 3841 TTGGGCAAGTCAAACGGCCTTTTCTAAAATGTGAGACAGAGATTAAAGGGACCCCAAGGC 3901 CACTTTCCAGCTCTAGGTTCCATGGCCAGACTTTCATGTCAACAGAGAATGAAGAAGATC 3961 AGTCCGTTTTCATCTTGAAAATGGCTGCCAAAGTGCTAGACAAAGATATTGACTAGATGG 4021 GGGATGGTATTGTCTGACCACACCCAGTACTCCAAAAAGTTGTTCCACCCACACAGCACG 4081 GTGTCTACCACTGCATAATTTCTAATGCATTTGTGTGCTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT 4141 GTGTGTGTCTGTGTGTCTGTGTGTCTCTTCCCCCTTCATTCACTTTTAGTATACATACTG 4201 TGGATACTAAGGAGTAATTGCAGTGAACAAATTCACATTACCGAGTTCATATTTTTAATG 4261 AGATCTTGAGAGTGGGAGGAAAGAGTCGGCTCCTAGAGAATAAAATGAAGGCAGACTTAG 4321 GGAAATTTGAAGGTACAAAGGCAACTTACCTTCTGATCAACAGCCAACCACAGTCTGGAA 4381 TAAATGTTATCAAACACACATTCTTCAAAATGGTCCATGTCTGAGTAATTAAAAGGCAAA 4441 TTTCCAAAATCATAAGGACTTCCGTTAATCAAGTCAGGCATAATTATTCTTCCTACTGAT 4501 GGACACAATGAAGTAAACATATCATTCTTGTAATTTAACAGTAATTCTCGTAAATTGCCC 4561 TTAAATGTCAGTGCTGGATGTGGTCCACCCTCCTAAATTGTGACTGTTGCAACAGATGTT 4621 CTCACTTCAAATAACGCACTTCTTGGCCACCTAATTAAAGCAATTTTTGGGGTGATTCAT 4681 CCTACTGCAAGCTTGGCCACACTTGTATCCTGTATTAACCTATAATTTTTGTACCGTAGG 4741 AGAAGAATTCACTCTTTAAGGACTTATAACAATTATGGCAAAAGGGGGGATAGTACTTTT 4801 GTTTATTTTTTCTATTATTTTTCAAGATCTTTAATCCGGTTTTTCCATTTATACAAAACT 4861 CTTTCTCCGAGACAAAAATGATACATATTGGTAAAATGATCTTACCTAATTTAAGTGAAC 4921 TAATTTAAAGCAAAATTCAGATGTCTGAATTAATCCATTTTCATAGTTAATAATGTGCAA 4981 ATTAGACCTTTTGAAAAAGGATATTAAGAATGGTACAAACTCAATGAAGTACTAGGTAAC 5041 TTCAATGTTTTATAAAAAAGTAAGTCAGCTTCAATGTTTCATAAAAAACAAATTCAATAT 5101 AGAATTTTAAGGTAACATACTTTCCTAAATTTTACCTTTTTTCGATATTTAGGTATTAAA 5161 AATGATCAAAATCATAAATTATTTCCTCATCAATCTACTAGTCTTACATTCAGCGATTCA 5221 TCTGTGCACTTTACCAGCTTAATTGCTAAGCATTCAAAATATCCTTCAGACACATTAATA 5281 TTTCACAACAGTTATAAAATAGTAAATAATTAATAATTTAATTCAAAATACATTTACATA 5341 TTAATATTGCAAACAAATCACCCTGCTGATCCCTGCCATACTTTTGACCTGCATAATTTC 5401 TAGGTCATTAAAATATTCTTAAAAAAATATAATTGGTCCTTAATTAGGTAATTCAATTCT 5461 ATAAACTTGTTTCTCTATTTGTTAATTATTGCTATTGATCCATGAAGTGATACTAATAAT 5521 TGTTTCCTACTTTTTCTTTTTTTTTTCTACAGCTTTACAAGAGGTGAGTAAAACTTTTTT 5581 TAGAATTTTTAAAAATACTTTGATTCCCTTGGCTACAGTGATGTCTTCTCTTGGAAGGGA 5641 AGAAGTTACATTAATATTGACCATCCTAGATTCCCAAGAAAATTGTGAAGAATTATGATA 5701 GTCAAAACCTTTCTGGCTGCCTTAGAAAGTACCCACCCAATTTTCCAAAATAGGCGGGGC 5761 TACTGAATAAGACTAGGTTTATAAAATATTCATAAGAAATATAGAGTAAATAATCCAATA 5821 GAAGTTTGAGTTTTAGGATCAGCTTCTATGAAGCAGAAGATTTCACTGAGCTAGAGAATC 5881 TTTTCACTCCTTTGGAATTATTTGCAAAAGCACTTATTGTTAACACATTCTTAGCTCATG 5941 AGTTGAATTTGAGGCATAAGTACAGGTACGTATTGCTATGTATTTTTTGTTCTGTAGGTA 6001 CATATTTTTATTTGACATGTTGGTAAAATTTTAAATTGTAGTTTGAAATATTAAACTGAG 6061 ATAATAGTAAATGCATAATGTAATGAATTGTGAAGGTATATTTGTATACTACACCAAAAT 6121 GGAAGCTGTTTTTAAATATATATATACAATTTTCTTCATAATAATCTTTGATTTATTCTT 6181 TTCTAGGAAACTGTAAGAAAGGTAAGAGTACACTACTTCTCCATAAATATCTAAAATTAT 6241 CAGGGATAACATAATTTAACTAAATTTATAGTAGACTATAGAAGGAAAATACTTTATCAA 6301 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40381 TAGGATGAATAGTGAAATAAATTTTGGTATCCCAATAACATTTATAAGGATGATTTAACA 40441 AAAGAAAAACTTCTTAGAATAGAATTTTCAATCTTGAAAATCTAATATTCAAGAACACTG

	Sequence Information

Literature

	Literature

PubMed:92347553 The modular architecture of vertebrate collagens.
P. Bork.
FEBS Lett 1992 Jul 27;307(1):49-54.

JBC:M003339200v1
PMID: 11007770 Synergistic cooperation between Sp1 and Smad3/Smad4 mediates TGFbeta1 stimulation of alpha2(I) collagen (COL1A2) transcription.
Zhang W, Ou J, Inagaki Y, Greenwel P, Ramirez F
J Biol Chem 2000 Sep 27

PubMed:82058081 Structure of the pro alpha 2 (I) collagen gene.
J. Wozney, et al.
Nature 1981 Nov 12;294(5837):129-35.

Pubmed:8621730 An AP-1 binding sequence is essential for regulation of the human alpha2(I) collagen (COL1A2) promoter activity by transforming growth factor-beta.
Chung KY, Agarwal A, Uitto J, Mauviel A.
J Biol Chem 1996 Feb 9;271(6):3272-8

FAQ

PubMed:92347553	The modular architecture of vertebrate collagens. P. Bork. FEBS Lett 1992 Jul 27;307(1):49-54.
JBC:M003339200v1 PMID: 11007770	Synergistic cooperation between Sp1 and Smad3/Smad4 mediates TGFbeta1 stimulation of alpha2(I) collagen (COL1A2) transcription. Zhang W, Ou J, Inagaki Y, Greenwel P, Ramirez F J Biol Chem 2000 Sep 27
PubMed:82058081	Structure of the pro alpha 2 (I) collagen gene. J. Wozney, et al. Nature 1981 Nov 12;294(5837):129-35.
Pubmed:8621730	An AP-1 binding sequence is essential for regulation of the human alpha2(I) collagen (COL1A2) promoter activity by transforming growth factor-beta. Chung KY, Agarwal A, Uitto J, Mauviel A. J Biol Chem 1996 Feb 9;271(6):3272-8