Deletion construct for SPCC1672.10 - 2245

Homology region PCR
	outside primer	inside primer	product size
upstream	XbaI - AAAATCTAGAtgcatccgttccgtcttcagc @ - 623	XhoI - AAAACTCGAGggcaactacacaatggcccaaac @ - 7	616
downstream	XbaI - AAAATCTAGAcgcagccagcggtcaaaattac @ + 463	BglII - AAAAAGATCTaaaacaaatgatcttcgtcgccttg @ + 133	330
Ligation and bacteria checking PCR
	monomer1	monomer2	homodimer1	heterodimer	homodimer2	checking PCR product
Product size	330	616	654	940	1226	1090 = 703 + 387
Yeast checking PCR
	primer	product size (-uni)	product size (-uni2)
upstream	ccacgacaagtacccaaaagtctg @ - 945	1028	1088
downstream	gcccacaaaagacctaccgc @ + 894	821	855
Gel preview
	1: upstream homology region PCR 2: Downstream homology region PCR 3: Ligation with target band 4: Undigested bacteria colony checking 5: bacteria checking PCR digested with XbaI 6: Yeast upch checking PCR 7: Yeast dwch checking PCR Marker with bands at: 5090, 4072, 3054, 2036, 1636 (x2), 1018, 506, 396, 344, 298 Get predicted insert sequence
Gel preview
1: upstream homology region PCR
2: Downstream homology region PCR
3: Ligation with target band
4: Undigested bacteria colony checking
5: bacteria checking PCR digested with XbaI
6: Yeast upch checking PCR
7: Yeast dwch checking PCR
Marker with bands at: 5090, 4072, 3054, 2036, 1636 (x2), 1018, 506, 396, 344, 298
Get predicted insert sequence
Information
Orphan: yes	Protein length: 430	Coils:	GeneDB information: WD REPEAT PROTEIN; PUTATIVE CHROMOSOME ASSEMBLY FACTOR; NO APPARENT S. CEREVISIAE ORTHOLOG
Link for this gene: GeneDB
Genomic locus view with flanking 1000 bp
Blue: homology regions. Red: ORF (with introns).
Restriction enyzmes: HindIII, BamHI, SalI, BglII, XhoI, XbaI, NheI, ApaI, SspBI.
                                                                                               NheI
                                                                                               >=====
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                                                       upch
ACGATTTGAATTGTACTGTTATCGAATAATTTATCAAGTTAGCATGTTAAAGTTTCCACGACAAGTACCCAAAAGTCTGACTACGTGCTATTAAAGCTAGCTAATCATATAAATTAAAATCAGCCAAAACTCATAGTCATTTCACAAGTTTCTCTTTTCAGCCATTGTTTACATATGAAATTTTACTTAGTCTCCAGAAC
TGCTAAACTTAACATGACAATAGCTTATTAAATAGTTCAATCGTACAATTTCAAAGGTGCTGTTCATGGGTTTTCAGACTGATGCACGATAATTTCGATCGATTAGTATATTTAATTTTAGTCGGTTTTGAGTATCAGTAAAGTGTTCAAAGAGAAAAGTCGGTAACAAATGTATACTTTAAAATGAATCAGAGGTCTTG
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         10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       

                                                                                                                                                                                 |-------------------|
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ATCGTTTCTAATACCCTAACCTAAGGTAAAAACCGTCACAACAAATTTACTATATATAGGGTCTGTTCAGTTGATGATTCACCATCATCAGTAGGTTTTAACTTACTTTGTTATATAAGTAAAGTAAAATCAATCCTGAAGTCAAGTATGATGGTTGGAGTCTCCGGACCAAGAAAATGCATCCGTTCCGTCTTCAGCGA
TAGCAAAGATTATGGGATTGGATTCCATTTTTGGCAGTGTTGTTTAAATGATATATATCCCAGACAAGTCAACTACTAAGTGGTAGTAGTCATCCAAAATTGAATGAAACAATATATTCATTTCATTTTAGTTAGGACTTCAGTTCATACTACCAACCTCAGAGGCCTGGTTCTTTTACGTAGGCAAGGCAGAAGTCGCT
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         210       220       230       240       250       260       270       280       290       300       310       320       330       340       350       360       370       380       390       400       

AGAATTGAGTGGCTTTCCCGGTCGTTGACTTTTTTCCATGGGTCAAGGATGGGATTGTCTCCCAGACATTTTTAATTAAAAAAAGTTTATATTTGATTAGTTTAGATACGTACCCAAAGTTTGCAATACTACATGATTTGTTTAATAAATTTACGGTGTACTGTAAAACAATTCGTAGAGCCAACAGTATAAATATCCCA
TCTTAACTCACCGAAAGGGCCAGCAACTGAAAAAAGGTACCCAGTTCCTACCCTAACAGAGGGTCTGTAAAAATTAATTTTTTTCAAATATAAACTAATCAAATCTATGCATGGGTTTCAAACGTTATGATGTACTAAACAAATTATTTAAATGCCACATGACATTTTGTTAAGCATCTCGGTTGTCATATTTATAGGGT
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         410       420       430       440       450       460       470       480       490       500       510       520       530       540       550       560       570       580       590       600       

TTGATGGCTGGGTTCAATAGTTTTATTTTTAGTGTAAATATAATGACAATCTGTTTATCAAAGTATACTGAGATTATAATATTTGTTTTTGCCAAATGGTTTTATAATTATTAGAGCATGATAAAGACGATGTTTGAGGAATTCTTCTCACTATGAATGTCTGTTTTCATGGAGACGTGGCATCAAGTAATGGTTTTTAG
AACTACCGACCCAAGTTATCAAAATAAAAATCACATTTATATTACTGTTAGACAAATAGTTTCATATGACTCTAATATTATAAACAAAAACGGTTTACCAAAATATTAATAATCTCGTACTATTTCTGCTACAAACTCCTTAAGAAGAGTGATACTTACAGACAAAAGTACCTCTGCACCGTAGTTCATTACCAAAAATC
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         610       620       630       640       650       660       670       680       690       700       710       720       730       740       750       760       770       780       790       800       

                                                                                                                                                                           |---------------------|
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AGGCATGTTCAAATTTGTTTTCGCTCATTGAAACTTGTTTTCTATATCGCTGTTCATGAATTTTATTTTATTTTTTTTTTATTTCAGACTTAAGAGTGCGCTAGATTTATTTGGGCATCTTTAAATAATGTAAATTACTTATAACTCCAAAACTTTTAACTTGGCAATCTAGTTTGGGCCATTGTGTAGTTGCCCAAAAC
TCCGTACAAGTTTAAACAAAAGCGAGTAACTTTGAACAAAAGATATAGCGACAAGTACTTAAAATAAAATAAAAAAAAAATAAAGTCTGAATTCTCACGCGATCTAAATAAACCCGTAGAAATTTATTACATTTAATGAATATTGAGGTTTTGAAAATTGAACCGTTAGATCAAACCCGGTAACACATCAACGGGTTTTG
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         810       820       830       840       850       860       870       880       890       900       910       920       930       940       950       960       970       980       990       1000      

                              XhoI
                              >=====
ATGTCAGAGGAAGTAGTCCAGGATGCACCTCTCGAGAATAATGAACTCAATGCCGAGATAGACTTACAAAAAACAATACAAGAAGGTATGATTAAAGGGAATTCTTCATTAATATATATTATTATGCCGTAATTACTGACGATTATACTCGTTTCAGAATACAAACTTTGGAAACAAAATGTTCCCTTTCTGTATGACTT
TACAGTCTCCTTCATCAGGTCCTACGTGGAGAGCTCTTATTACTTGAGTTACGGCTCTATCTGAATGTTTTTTGTTATGTTCTTCCATACTAATTTCCCTTAAGAAGTAATTATATATAATAATACGGCATTAATGACTGCTAATATGAGCAAAGTCTTATGTTTGAAACCTTTGTTTTACAAGGGAAAGACATACTGAA
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         1010      1020      1030      1040      1050      1060      1070      1080      1090      1100      1110      1120      1130      1140      1150      1160      1170      1180      1190      1200      

GGTAATAACCCACGCTTTGGAATGGCCTTCTTTGACAATTCAATGGCTTCCTGACAAAAAAACGTACGTTGCTTGCCAAAGTAGTTAGGCTATGATTATACTGGCCTTTACTTCAAACCATCTCATCAGTTTTCTAACTCGATTCTTGAAGAATACCAGGTACTGATTACTCTATTCAACGTCTTATTCTTGGCACTCAC
CCATTATTGGGTGCGAAACCTTACCGGAAGAAACTGTTAAGTTACCGAAGGACTGTTTTTTTGCATGCAACGAACGGTTTCATCAATCCGATACTAATATGACCGGAAATGAAGTTTGGTAGAGTAGTCAAAAGATTGAGCTAAGAACTTCTTATGGTCCATGACTAATGAGATAAGTTGCAGAATAAGAACCGTGAGTG
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         1210      1220      1230      1240      1250      1260      1270      1280      1290      1300      1310      1320      1330      1340      1350      1360      1370      1380      1390      1400      

ACATCTGGTAATGATCAAAATTATTTACAGATTGCTTCTGTGCAATTACCAAACTTTGATGAGGATACCACCGAGTTTACTCCTTCTACGATTCGAAGAGCACAGGCCACGGGCTCGTATACGATTGAAATTTCACAAAAAATCCCTCACGATGGCGATGTCAATCGTGCTCGTTACATGCCTCAAAAGCCTGAAATCAT
TGTAGACCATTACTAGTTTTAATAAATGTCTAACGAAGACACGTTAATGGTTTGAAACTACTCCTATGGTGGCTCAAATGAGGAAGATGCTAAGCTTCTCGTGTCCGGTGCCCGAGCATATGCTAACTTTAAAGTGTTTTTTAGGGAGTGCTACCGCTACAGTTAGCACGAGCAATGTACGGAGTTTTCGGACTTTAGTA
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CGCTACCATGGGAGAAGGAGGAAATGCTTATATTTTTGATACAACTTGTCATGATGCCTTAACTACAGGTGAAGCACTTCCTCAAGCAGTTTTGAAGGGCCATACTGCTGAAGGTTTTGGTCTTTGCTGGAACCCGAATTTACCTGGAAATCTAGCAACAGGAGCAGAGGATCAAGTTATCTGTTTATGGGATGTTCAGA
GCGATGGTACCCTCTTCCTCCTTTACGAATATAAAAACTATGTTGAACAGTACTACGGAATTGATGTCCACTTCGTGAAGGAGTTCGTCAAAACTTCCCGGTATGACGACTTCCAAAACCAGAAACGACCTTGGGCTTAAATGGACCTTTAGATCGTTGTCCTCGTCTCCTAGTTCAATAGACAAATACCCTACAAGTCT
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         1610      1620      1630      1640      1650      1660      1670      1680      1690      1700      1710      1720      1730      1740      1750      1760      1770      1780      1790      1800      

CACAATCTTTTACTTCCTCTGAGACAAAAGTCATTTCCCCCATAGCCAAATATCATCGTCATACTGATATTGTTAACGATGTTCAATTTCATCCTCAACATGAGGCATTATTAGCATCGGTGTCGGATGATTGCACTTTGCAAATTCACGATACTCGGTTAAATCCAGAAGAAGAAGCTCCCAAAGTTATTCAGGCTCAT
GTGTTAGAAAATGAAGGAGACTCTGTTTTCAGTAAAGGGGGTATCGGTTTATAGTAGCAGTATGACTATAACAATTGCTACAAGTTAAAGTAGGAGTTGTACTCCGTAATAATCGTAGCCACAGCCTACTAACGTGAAACGTTTAAGTGCTATGAGCCAATTTAGGTCTTCTTCTTCGAGGGTTTCAATAAGTCCGAGTA
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         1810      1820      1830      1840      1850      1860      1870      1880      1890      1900      1910      1920      1930      1940      1950      1960      1970      1980      1990      2000      

TCTAAAGCCATAAATGCCGTTGCCATTAATCCCTTTAATGACTATCTTTTAGCAACAGCCAGTGCTGATAAAACAGTAGCTCTTTGGGACCTCCGTAATCCATATCAACGGTTGCATACCCTGGAAGGACACGAAGATGAGGTATATGGGTTAGAATGGTCACCTCATGATGAACCTATATTGGCATCCAGTTCAACTGA
AGATTTCGGTATTTACGGCAACGGTAATTAGGGAAATTACTGATAGAAAATCGTTGTCGGTCACGACTATTTTGTCATCGAGAAACCCTGGAGGCATTAGGTATAGTTGCCAACGTATGGGACCTTCCTGTGCTTCTACTCCATATACCCAATCTTACCAGTGGAGTACTACTTGGATATAACCGTAGGTCAAGTTGACT
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         2010      2020      2030      2040      2050      2060      2070      2080      2090      2100      2110      2120      2130      2140      2150      2160      2170      2180      2190      2200      

TCGCCGTGTTTGTATTTGGGATTTAGAAAAGATTGGAGAGGAACAGACTCCGGAGGATGCCGAGGATGGTTCTCCAGAATTACTATTTATGCATGGAGGCCACACAAATCGCATCTCAGAATTTAGTTGGTGTCCAAACGAGCGTTGGGTGGTTGGAAGTCTTGCCGATGATAATATCCTTCAAATATGGAGCCCTTCTC
AGCGGCACAAACATAAACCCTAAATCTTTTCTAACCTCTCCTTGTCTGAGGCCTCCTACGGCTCCTACCAAGAGGTCTTAATGATAAATACGTACCTCCGGTGTGTTTAGCGTAGAGTCTTAAATCAACCACAGGTTTGCTCGCAACCCACCAACCTTCAGAACGGCTACTATTATAGGAAGTTTATACCTCGGGAAGAG
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         2210      2220      2230      2240      2250      2260      2270      2280      2290      2300      2310      2320      2330      2340      2350      2360      2370      2380      2390      2400      

                                                                                                                                                                                         |--------------
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GTGTCATTTGGGGTCGTGATCATGTTCAGGTTTCTCCTAGGGATCTGGAGTAAAGTTGGCCATAGAAAAAAACCCAAACTCACTTTTCCATCCTTCTACGCTTCATCTGTTTTTTGCAATATTCTTTACAATACAGAGTCATATGGTAATTGACTGCTCTCTTTTTTTCAGCTTTTGTATAATTTAAAACAAATGATCTT
CACAGTAAACCCCAGCACTAGTACAAGTCCAAAGAGGATCCCTAGACCTCATTTCAACCGGTATCTTTTTTTGGGTTTGAGTGAAAAGGTAGGAAGATGCGAAGTAGACAAAAAACGTTATAAGAAATGTTATGTCTCAGTATACCATTAACTGACGAGAGAAAAAAAGTCGAAAACATATTAAATTTTGTTTACTAGAA
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         2410      2420      2430      2440      2450      2460      2470      2480      2490      2500      2510      2520      2530      2540      2550      2560      2570      2580      2590      2600      

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dwin
CGTCGCCTTGTAAATACATCAAAACTACTGTTATAAATCAGACTACATTTCTATAACACCAGAGATTAAATGTTTTGTTTGACCATGATAAAGTAAAAAGGATAGTAACTATTAATATTATACATAACAGCAAAAAAAATCTATTGAACAACAAAAGGGGGATAATATATCTCAAACTTGTTCATTTTGCAAGTCTGCGA
GCAGCGGAACATTTATGTAGTTTTGATGACAATATTTAGTCTGATGTAAAGATATTGTGGTCTCTAATTTACAAAACAAACTGGTACTATTTCATTTTTCCTATCATTGATAATTATAATATGTATTGTCGTTTTTTTTAGATAACTTGTTGTTTTCCCCCTATTATATAGAGTTTGAACAAGTAAAACGTTCAGACGCT
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GCTATTCGCAGGTGGTGGTATATACCAGGGCTCTCTCCGTACTATCCTTAAGGTTATATATTGAATTATACAAATAAGGACGATTTGACCGATTAGAGGAGATAAAATACGTTTGGAAACCAAATTAGCGGTAGGTCTTTTGTGGGCCAAACGATGATAAGGTCGAGATCTCCCCATGAAAACCGCAATGGGAAGAATAA
CGATAAGCGTCCACCACCATATATGGTCCCGAGAGAGGCATGATAGGAATTCCAATATATAACTTAATATGTTTATTCCTGCTAAACTGGCTAATCTCCTCTATTTTATGCAAACCTTTGGTTTAATCGCCATCCAGAAAACACCCGGTTTGCTACTATTCCAGCTCTAGAGGGGTACTTTTGGCGTTACCCTTCTTATT
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TGACAAGATCAATAAACAAAAACTGGAAGTCTCCAAGATTTGAATTTGTTGTG
ACTGTTCTAGTTATTTGTTTTTGACCTTCAGAGGTTCTAAACTTAAACAACAC
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