Deletion construct for SPAC31G5.18C - 1664

Homology region PCR
outside primerinside primerproduct size
upstream XbaI - AAAATCTAGAggatgcacgagacagaataaagagcc @ - 677 XhoI - AAAACTCGAGgacgaaaagtgtggcgacgaaag @ - 35 642
downstream XbaI - AAAATCTAGAtgctttggaccgtcctataccagc @ + 479 BglII - AAAAAGATCTtcttccgtttttcttttcgcatgac @ + 28 451
Ligation and bacteria checking PCR
monomer1monomer2homodimer1heterodimerhomodimer2checking PCR product
Product size 451 642 896 1087 1278 1237 = 729 + 508
Yeast checking PCR
primerproduct size (-uni)product size (-uni2)
upstream ttgcttaactttcagcgactttca @ - 990 1045 1105
downstream ttcagggtgcttgggaaggt @ + 957 989 1023
Gel preview

1: upstream homology region PCR
2: Downstream homology region PCR
3: Ligation with target band
4: Undigested bacteria colony checking
5: bacteria checking PCR digested with XbaI
6: Yeast upch checking PCR
7: Yeast dwch checking PCR
Marker with bands at: 5090, 4072, 3054, 2036, 1636 (x2), 1018, 506, 396, 344, 298

Get predicted insert sequence
Information
Orphan:
yes		Protein length:
263		Coils:
GeneDB information:
UBIQUITIN FAMILY PROTEIN; NO APPARENT S. CEREVISIAE ORTHOLOG
Link for this gene:
GeneDB

Genomic locus view with flanking 1000 bp
Blue: homology regions. Red: ORF (with introns).
Restriction enyzmes: HindIII, BamHI, SalI, BglII, XhoI, XbaI, NheI, ApaI, SspBI.

          |----------------------|
          upch
AAAAATTTTCTTGCTTAACTTTCAGCGACTTTCAAATTAGAACATTGTAGTTGTACGACCATAAATATCATGGCAAAGTTTAATACAGGAATTTATAGGCAATTGAGTAGTCGTACACAAAAACTACAGTTTTAATGAAAATAAACTATGCTTTGCGTTCTTAAATATTCATAAACGCAATAGCTATGCTATACCTTGTA
TTTTTAAAAGAACGAATTGAAAGTCGCTGAAAGTTTAATCTTGTAACATCAACATGCTGGTATTTATAGTACCGTTTCAAATTATGTCCTTAAATATCCGTTAACTCATCAGCATGTGTTTTTGATGTCAAAATTACTTTTATTTGATACGAAACGCAAGAATTTATAAGTATTTGCGTTATCGATACGATATGGAACAT
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         10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       

                                                                                                                           |------------------------|
                                                                                                                           upout
TTTTCAATTCAAATTACCATAATATATGATCACAGATTAAACTAGGCATGCATAATATCTTAAAATGCAATTAATAATTAATAGTTATTTCTATATAAAATTTGTAACAATAGTTTTTCTAATGGATGCACGAGACAGAATAAAGAGCCCAAAAAAAAAAAATAATAATTAATTAATTAAATCAATAAATATAAATAAAA
AAAAGTTAAGTTTAATGGTATTATATACTAGTGTCTAATTTGATCCGTACGTATTATAGAATTTTACGTTAATTATTAATTATCAATAAAGATATATTTTAAACATTGTTATCAAAAAGATTACCTACGTGCTCTGTCTTATTTCTCGGGTTTTTTTTTTTTATTATTAATTAATTAATTTAGTTATTTATATTTATTTT
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         210       220       230       240       250       260       270       280       290       300       310       320       330       340       350       360       370       380       390       400       

AAATAAAAAGTTATAATTAAAAAGAAAAAATAGATAAATAACTAAGAAATGGAAATTACTAAGGTGAAACTCATAATTTTACCTTGGTCACTTTTTTATTTTTGGTTGTTTATAAATCAGAGTTATCGTTTCTTACTTTAAGACATCAGTAATCGAAAGTAGTTTCAATATGTTATATAACCTACATGAAATATAAAATA
TTTATTTTTCAATATTAATTTTTCTTTTTTATCTATTTATTGATTCTTTACCTTTAATGATTCCACTTTGAGTATTAAAATGGAACCAGTGAAAAAATAAAAACCAACAAATATTTAGTCTCAATAGCAAAGAATGAAATTCTGTAGTCATTAGCTTTCATCAAAGTTATACAATATATTGGATGTACTTTATATTTTAT
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                                                                                                       SspBI
                                                                                                       >=====
TCTGCTTTCCAATAGTCGTATAAGGGAATGGAAAGGTAGTTTTCAGAATGTGTTTATGTTTTGTATATAATAGGTCATACAGGTTATCTTCAAGGAGCTCAAATGTACATTAACTCAAAATTGTTAGACTTAACACTCTAAATATTTAAATTATTAATATAGCTTTTGGGTAGAGATAATTGACATTGTAATCACAAAGC
AGACGAAAGGTTATCAGCATATTCCCTTACCTTTCCATCAAAAGTCTTACACAAATACAAAACATATATTATCCAGTATGTCCAATAGAAGTTCCTCGAGTTTACATGTAATTGAGTTTTAACAATCTGAATTGTGAGATTTATAAATTTAATAATTATATCGAAAACCCATCTCTATTAACTGTAACATTAGTGTTTCG
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         610       620       630       640       650       660       670       680       690       700       710       720       730       740       750       760       770       780       790       800       

                                                                                                                                               |---------------------|
                                                                                                                                               upin
AAGTAATAAGTCCCTGCTTAGTAGAGTGTAGTATTTTTATGAAATTTAATAAAAGTTGACTATTATTTATGAGCTTAAAATTTCCAATTTTAAGCATTTGTCGAAGAATTGCACATAAATTCGTATACAACTTCTAGCACATACTTTCGTCGCCACACTTTTCGTCTACCACCTTCTCACCATTGCTGAATCTGTTAAAT
TTCATTATTCAGGGACGAATCATCTCACATCATAAAAATACTTTAAATTATTTTCAACTGATAATAAATACTCGAATTTTAAAGGTTAAAATTCGTAAACAGCTTCTTAACGTGTATTTAAGCATATGTTGAAGATCGTGTATGAAAGCAGCGGTGTGAAAAGCAGATGGTGGAAGAGTGGTAACGACTTAGACAATTTA
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         810       820       830       840       850       860       870       880       890       900       910       920       930       940       950       960       970       980       990       1000      

ATGGAGTGTAAGACTGTATTTTTGAATGGGGATTTTTTAAAAAACTCTGTCAATGTGAATCTTAATAGATTAGCTACCGTAGAAACGTTGTTACGACACGTCCTGGGCGATTCTTATGAAACAGTTTTAGAAAGGGCTTATTTGACACATCAAAGTCGAATTGTTCATCCAGATATTCAACTATGTAAATTGGAGGGCAA
TACCTCACATTCTGACATAAAAACTTACCCCTAAAAAATTTTTTGAGACAGTTACACTTAGAATTATCTAATCGATGGCATCTTTGCAACAATGCTGTGCAGGACCCGCTAAGAATACTTTGTCAAAATCTTTCCCGAATAAACTGTGTAGTTTCAGCTTAACAAGTAGGTCTATAAGTTGATACATTTAACCTCCCGTT
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         1010      1020      1030      1040      1050      1060      1070      1080      1090      1100      1110      1120      1130      1140      1150      1160      1170      1180      1190      1200      

AAGTACTTCTGCGCACCTTAATTTGACTCTTTGTACTAGAGTTTTAGGTGGAAAGGGTGGTTTTGGCAGTCAGTTGAGAGCCGCCGGTGGCCGTATGTCAAAAAAGCGCAATGAGCAGGAGAATCAAGATTCTTGTAGAGATTTAGATGGCAACCGTTTAGGAACAATTCGCCAGGCGAAGGAATTATCTGAATATTTAG
TTCATGAAGACGCGTGGAATTAAACTGAGAAACATGATCTCAAAATCCACCTTTCCCACCAAAACCGTCAGTCAACTCTCGGCGGCCACCGGCATACAGTTTTTTCGCGTTACTCGTCCTCTTAGTTCTAAGAACATCTCTAAATCTACCGTTGGCAAATCCTTGTTAAGCGGTCCGCTTCCTTAATAGACTTATAAATC
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         1210      1220      1230      1240      1250      1260      1270      1280      1290      1300      1310      1320      1330      1340      1350      1360      1370      1380      1390      1400      

                                                                                   XbaI                         BglII
                                                                                   >=====                       >=====
CGAAGAAACCTGCTGAAACTCGCGCAAAGAAAGAAGCTAAAAAGCAGAAATTAAATAAAGTACTTGCTGCTGATTCATCGTCATCTAGATTTGATGATCATGAGTATTTAGAAGATCTTGAGCAGTCTGTTTCCAATGTACGCGATGCTTTTCAAAATTCTTTGTTATACCGAAGGGGCTCAACTTCAGCCAGTTCTTTT
GCTTCTTTGGACGACTTTGAGCGCGTTTCTTTCTTCGATTTTTCGTCTTTAATTTATTTCATGAACGACGACTAAGTAGCAGTAGATCTAAACTACTAGTACTCATAAATCTTCTAGAACTCGTCAGACAAAGGTTACATGCGCTACGAAAAGTTTTAAGAAACAATATGGCTTCCCCGAGTTGAAGTCGGTCAAGAAAA
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TCATCCGGTAGCAATGGTGCTACTACCGATGAACCTGCCGAAAAGGAAGCTCGAAATAATAACTCTTCCATCAATTCCTGGTCGCGGCGAATGCAAGCTAGTGAATCATCAAATGAGGCAGAAGGCGAGGACAGTGAATCACAAACATCAAAATCCCTTTATGAATGGGATGACCCTTTATACGGATTGTAAAGAGAGTA
AGTAGGCCATCGTTACCACGATGATGGCTACTTGGACGGCTTTTCCTTCGAGCTTTATTATTGAGAAGGTAGTTAAGGACCAGCGCCGCTTACGTTCGATCACTTAGTAGTTTACTCCGTCTTCCGCTCCTGTCACTTAGTGTTTGTAGTTTTAGGGAAATACTTACCCTACTGGGAAATATGCCTAACATTTCTCTCAT
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                   |-----------------------|
                   dwin
ACGCGTTTTTTTTAAACTCTCTTCCGTTTTTCTTTTCGCATGACATTTTGACACTTTAATGATTGATAACGGACTCGGCTGTTAACTTAATATACATAACATGTGCTTTATCATGGTGTAATTTATTTCTGAAAGCATTGAAACGCTTAAACATACAAGTGCAAAAGTAACTTCAAAGGTACGACATCCACCATCGTTAA
TGCGCAAAAAAAATTTGAGAGAAGGCAAAAAGAAAAGCGTACTGTAAAACTGTGAAATTACTAACTATTGCCTGAGCCGACAATTGAATTATATGTATTGTACACGAAATAGTACCACATTAAATAAAGACTTTCGTAACTTTGCGAATTTGTATGTTCACGTTTTCATTGAAGTTTCCATGCTGTAGGTGGTAGCAATT
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         1810      1820      1830      1840      1850      1860      1870      1880      1890      1900      1910      1920      1930      1940      1950      1960      1970      1980      1990      2000      

ACGCAGGCCGTTTAGTGCACATGTTTAAAACGTACTTATTTATGAGTGCTTCCTTAATAGCTTCAATAGCTCATTTTCACTGCTACTTTTTAATTCGCATTGCATTCAAAACACAATGGACTATCAAATTTGTATGAAAGTTTACGGTTTATTTGTAATTTAGAAATAATATAGTTGTGCTATATTAATGTAGACTTAGA
TGCGTCCGGCAAATCACGTGTACAAATTTTGCATGAATAAATACTCACGAAGGAATTATCGAAGTTATCGAGTAAAAGTGACGATGAAAAATTAAGCGTAACGTAAGTTTTGTGTTACCTGATAGTTTAAACATACTTTCAAATGCCAAATAAACATTAAATCTTTATTATATCAACACGATATAATTACATCTGAATCT
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                                               dwout
AAAACTCAAGAATATACAATTTTTGTATTTATATTTTGCTTTTTGAAGCTGGTATAGGACGGTCCAAAGCAGATTCGTTAATCTGATTTTAGAAATTTATCCATTCATGTTTGCTAAACATCAAACAGAGGAACCCTAACCTAGAATAATGTGACTGGTTTTGAATGAAGGTCGACATTTCCATACAACACTGACAGTGC
TTTTGAGTTCTTATATGTTAAAAACATAAATATAAAACGAAAAACTTCGACCATATCCTGCCAGGTTTCGTCTAAGCAATTAGACTAAAATCTTTAAATAGGTAAGTACAAACGATTTGTAGTTTGTCTCCTTGGGATTGGATCTTATTACACTGACCAAAACTTACTTCCAGCTGTAAAGGTATGTTGTGACTGTCACG
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GCATTGTCACGGCTACCTTGTACTGAAGATGCTTATTCCTAAGGAAAACCGCAAAGCTATTCATCAAGCCCTTTTTTCACAAGGTGTTTTGGTTGCCAAGAAGGGTATGTAATTTTTGGATGTGAAGTATTGTTATCGAGGGAGTCATAGAATGGATTAAAACGAAAAGGAGCTTTTCCAAAGGTTTGATATCTTACAGA
CGTAACAGTGCCGATGGAACATGACTTCTACGAATAAGGATTCCTTTTGGCGTTTCGATAAGTAGTTCGGGAAAAAAGTGTTCCACAAAACCAACGGTTCTTCCCATACATTAAAAACCTACACTTCATAACAATAGCTCCCTCAGTATCTTACCTAATTTTGCTTTTCCTCGAAAAGGTTTCCAAACTATAGAATGTCT
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         2410      2420      2430      2440      2450      2460      2470      2480      2490      2500      2510      2520      2530      2540      2550      2560      2570      2580      2590      2600      

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