Deletion construct for SPAC6C3.02C - 1393

Homology region PCR
outside primerinside primerproduct size
upstream XbaI - AAAATCTAGAtgtggaacctggagctgcttcatag @ - 778 XhoI - AAAACTCGAGtgaagagatggaaatgggcaaagg @ - 15 763
downstream XbaI - AAAATCTAGAAtcgattgattgattgattgatgggg @ + 492 BglII - AAAAAGATCTtgcccagtttgtttgcatcagc @ + 46 446
Ligation and bacteria checking PCR
monomer1monomer2homodimer1heterodimerhomodimer2checking PCR product
Product size 446 763 886 1203 1520 1353 = 850 + 503
Yeast checking PCR
primerproduct size (-uni)product size (-uni2)
upstream tgcattcccaaattgcttcg @ - 906 981 1041
downstream ggaatccccgtcccgtaaat @ + 982 996 1030
Gel preview

1: upstream homology region PCR
2: Downstream homology region PCR
3: Ligation with target band
4: Undigested bacteria colony checking
5: bacteria checking PCR digested with XbaI
6: Yeast upch checking PCR
7: Yeast dwch checking PCR
Marker with bands at: 5090, 4072, 3054, 2036, 1636 (x2), 1018, 506, 396, 344, 298

Get predicted insert sequence
Information
Orphan:
yes		Protein length:
172		Coils:
GeneDB information:
EUKARYOTIC CONSERVED PROTEIN; SIMILAR TO S. CEREVISIAE YMR002W
Link for this gene:
GeneDB

Genomic locus view with flanking 1000 bp
Blue: homology regions. Red: ORF (with introns).
Restriction enyzmes: HindIII, BamHI, SalI, BglII, XhoI, XbaI, NheI, ApaI, SspBI.

                                                                                              |------------------|
                                                                                              upch
CTAGACTGCTTTTCTATTAAAACCATGACTACTAGTGTTTCCATATAAAAATATAAAGAGATCCATCAACAACTAATACGTACATATTAGATTTTGCATTCCCAAATTGCTTCGTTATTTCACATACACCCATTTATTTAAAACGAGTTAAGAGTAACATCATTTGAAATCAACTGAAACATTTATATAAGCTGATTTTT
GATCTGACGAAAAGATAATTTTGGTACTGATGATCACAAAGGTATATTTTTATATTTCTCTAGGTAGTTGTTGATTATGCATGTATAATCTAAAACGTAAGGGTTTAACGAAGCAATAAAGTGTATGTGGGTAAATAAATTTTGCTCAATTCTCATTGTAGTAAACTTTAGTTGACTTTGTAAATATATTCGACTAAAAA
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         10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       

                      |-----------------------|
                      upout
CACAATCTTGCTATTTCACTAGTGTGGAACCTGGAGCTGCTTCATAGTTTTATACAATAGCATAACAAAACTCCAATAATCTCATTTATACTCTGACTCACCAAGTCGATGATGTGTATCTATTTAGGTTAAATTGATCAATTATATAATTGTTTCTCATATATTCCCTTACTTATCGTATTTATTATTTATTTATTTAT
GTGTTAGAACGATAAAGTGATCACACCTTGGACCTCGACGAAGTATCAAAATATGTTATCGTATTGTTTTGAGGTTATTAGAGTAAATATGAGACTGAGTGGTTCAGCTACTACACATAGATAAATCCAATTTAACTAGTTAATATATTAACAAAGAGTATATAAGGGAATGAATAGCATAAATAATAAATAAATAAATA
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         210       220       230       240       250       260       270       280       290       300       310       320       330       340       350       360       370       380       390       400       

TTTTATTTTTTGGAATATATACCGTCTAATTAATAATAACATGATTCTATCCACTACGTTATAAATAATGTTGGCTAAAAAAGTTTCTTTACGTAAAAAAAAAAAACAAAGTCAAATTGCTTTGCATACATGTGTCCAAAATTTACGATTATTGAGAATGATAGATAAAATCATAAATAAAAGTTTTGAAAGTGATGGAA
AAAATAAAAAACCTTATATATGGCAGATTAATTATTATTGTACTAAGATAGGTGATGCAATATTTATTACAACCGATTTTTTCAAAGAAATGCATTTTTTTTTTTTGTTTCAGTTTAACGAAACGTATGTACACAGGTTTTAAATGCTAATAACTCTTACTATCTATTTTAGTATTTATTTTCAAAACTTTCACTACCTT
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GTTGCAATTTTCTTTCTTTATTGAAAACTTGTGCATCCATTTGTATTAGTAAACCAGCTTGGATTGTTAGGTAACTGTTACCCCAAGGGCATCTGGTCTATACGACTTGAGTGGTGCAAATATCCAAGTTGTACCTCATGTCTTCCAATCCGCTATAGCGAAGACGATGTTTGGTCGGAACGATTCTCTCCATTCATCGA
CAACGTTAAAAGAAAGAAATAACTTTTGAACACGTAGGTAAACATAATCATTTGGTCGAACCTAACAATCCATTGACAATGGGGTTCCCGTAGACCAGATATGCTGAACTCACCACGTTTATAGGTTCAACATGGAGTACAGAAGGTTAGGCGATATCGCTTCTGCTACAAACCAGCCTTGCTAAGAGAGGTAAGTAGCT
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         610       620       630       640       650       660       670       680       690       700       710       720       730       740       750       760       770       780       790       800       

                                                                                                                                                                  |----------------------|
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TTTTCTTCAGCTTCTTCTAGCAACGCTATATATATTCGTGCTCTCCGCCATCTGCCTCTTAAACACTCGTATATCGTTTATCCTTTCATTGACGGTATTCCTTTGCAGATATCGTAAACGAGTTTTCATAAAATTTAATCCTTTTTTGTTTATCTCTTACTTCCTTTGCCCATTTCCATCTCTTCACATAAATAAGTACG
AAAAGAAGTCGAAGAAGATCGTTGCGATATATATAAGCACGAGAGGCGGTAGACGGAGAATTTGTGAGCATATAGCAAATAGGAAAGTAACTGCCATAAGGAAACGTCTATAGCATTTGCTCAAAAGTATTTTAAATTAGGAAAAAACAAATAGAGAATGAAGGAAACGGGTAAAGGTAGAGAAGTGTATTTATTCATGC
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         810       820       830       840       850       860       870       880       890       900       910       920       930       940       950       960       970       980       990       1000      

ATGCCTCGTAGACGTTCTGCCGCACCTCCTCCTCGCCGTGCAGCTCCTGCCAGAAGTGCTTCCACTGCTGCTGCTTTACCTCCTAGGACAATGGCACCTCCTCCTGCTCCTAGTCGTGTGCAACAGGCTCCTCCTCCCACCGCCGTCCAAGGAGGCAGCTCACCTGGATTCTTCGGCAATCTGGTTAGTACAGCGGCTGG
TACGGAGCATCTGCAAGACGGCGTGGAGGAGGAGCGGCACGTCGAGGACGGTCTTCACGAAGGTGACGACGACGAAATGGAGGATCCTGTTACCGTGGAGGAGGACGAGGATCAGCACACGTTGTCCGAGGAGGAGGGTGGCGGCAGGTTCCTCCGTCGAGTGGACCTAAGAAGCCGTTAGACCAATCATGTCGCCGACC
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         1010      1020      1030      1040      1050      1060      1070      1080      1090      1100      1110      1120      1130      1140      1150      1160      1170      1180      1190      1200      

TGTTGGTATTGGAAGTGCTATCGGACACACGGTTGGCAGCGTCATAACAGGCGGTTTTTCTGGAAGTGGTTCCAACAATGCTCCAGCTGATACTAGTGTACCTCAATCTAGTTACAGCAACAGTGTTCCAGAAGCCGCTTATGGTTCAGCACCTCCATCCACCTTTGCCAGCAGTGCTATTTCTGAAGAGGCGAAGAATG
ACAACCATAACCTTCACGATAGCCTGTGTGCCAACCGTCGCAGTATTGTCCGCCAAAAAGACCTTCACCAAGGTTGTTACGAGGTCGACTATGATCACATGGAGTTAGATCAATGTCGTTGTCACAAGGTCTTCGGCGAATACCAAGTCGTGGAGGTAGGTGGAAACGGTCGTCACGATAAAGACTTCTCCGCTTCTTAC
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         1210      1220      1230      1240      1250      1260      1270      1280      1290      1300      1310      1320      1330      1340      1350      1360      1370      1380      1390      1400      

                                                                                                                                                                    |--------------------|
                                                                                                                                                                    dwin
CTTGCAAGGGCGATGCTAAAATGTTTGCAGATTGTATAAATGAGCATGAGTTCAGTCAATGTTCTTACTATTTGGAACAGCTAAAGGCTTGTCAGGCCATGTGGTCCAACCAACAATAAGAGGCAATGAACTAATTTATTTATTTTTCTATTAAATAAAAGTTATGCCCAGTTTGTTTGCATCAGCATCAGCATCGAAAT
GAACGTTCCCGCTACGATTTTACAAACGTCTAACATATTTACTCGTACTCAAGTCAGTTACAAGAATGATAAACCTTGTCGATTTCCGAACAGTCCGGTACACCAGGTTGGTTGTTATTCTCCGTTACTTGATTAAATAAATAAAAAGATAATTTATTTTCAATACGGGTCAAACAAACGTAGTCGTAGTCGTAGCTTTA
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TTTTTTTTTCATGTTTCTACTAACGAGAACGTTGAACCCTAATAGCATTTGTTAAGCAGTAAATAATAACTGGTTTCCCTGGTATAAGACATAGTATAAGAACGAGAAGAAATAAATCATATATGGTATTTTTTTTGTTTGGTTTAGTAATGAAGTTCTTTTTTTTTAAAATGGCCCAGTAATAAAAAAGTTCACGAAGA
AAAAAAAAAGTACAAAGATGATTGCTCTTGCAACTTGGGATTATCGTAAACAATTCGTCATTTATTATTGACCAAAGGGACCATATTCTGTATCATATTCTTGCTCTTCTTTATTTAGTATATACCATAAAAAAAACAAACCAAATCATTACTTCAAGAAAAAAAAATTTTACCGGGTCATTATTTTTTCAAGTGCTTCT
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           HindIII
           >=====
                                                                                                                                                                                          |-------------
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ACGTAGTTAGAAAGCTTGATAAATAAATTAAATGAAATCTATGCTCTTTAGAAAGTTCTATGATCTGGCTTGGAGAAGAGTAGTACATAACAGTATGGTAATGTAGTTAGAGCTTCTCTTAACATGCGTACGTTTTCATACCTCTTAATAGTAGGGATGGTTCAGTTCATACAGCTACCTAGTTCACCCCATCAATCAAT
TGCATCAATCTTTCGAACTATTTATTTAATTTACTTTAGATACGAGAAATCTTTCAAGATACTAGACCGAACCTCTTCTCATCATGTATTGTCATACCATTACATCAATCTCGAAGAGAATTGTACGCATGCAAAAGTATGGAGAATTATCATCCCTACCAAGTCAAGTATGTCGATGGATCAAGTGGGGTAGTTAGTTA
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                                                          >=====
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dwout
CAATCAATCGATACAGTCACTCTTCAAAGCATTTTGAGAGTTCTCCCACAGATTTTATGCTAGCTGGAGTTCCGACTTGTTTATTAAAGTAGGAAGGTTGGAAGCGAACCATATCTAACAAACTTTTTTCAAAACGAAAATTAAAAGCAAATTAAACTTTCATTGTCTTACGTCCCATGTTAGGGGGGGGAAGCAGCTAA
GTTAGTTAGCTATGTCAGTGAGAAGTTTCGTAAAACTCTCAAGAGGGTGTCTAAAATACGATCGACCTCAAGGCTGAACAAATAATTTCATCCTTCCAACCTTCGCTTGGTATAGATTGTTTGAAAAAAGTTTTGCTTTTAATTTTCGTTTAATTTGAAAGTAACAGAATGCAGGGTACAATCCCCCCCCTTCGTCGATT
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ACAATGATGATTTATAGATGGTTGCCTCGGCTATTATTTACTTTGTTTCATATCTGAAAGAAGAGTAAGGGATAGGATACGCCAAAGATCCACCATAAAACGGTTTATCAACAAAAGGATCATCATCGAATTTGGTTTATGAGTCTTTCAAATGTACTCGTGTTTGTTAGTTTAACATACTATTGCATCCACTAGAGATA
TGTTACTACTAAATATCTACCAACGGAGCCGATAATAAATGAAACAAAGTATAGACTTTCTTCTCATTCCCTATCCTATGCGGTTTCTAGGTGGTATTTTGCCAAATAGTTGTTTTCCTAGTAGTAGCTTAAACCAAATACTCAGAAAGTTTACATGAGCACAAACAATCAAATTGTATGATAACGTAGGTGATCTCTAT
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GTTAAGAGAAGCTGATTTACAAATGATCGGTTTCGACATGTCTGCCAAGTTATACTTTTAACGTATTACCAAGAAAAAAAAATTTACGGGACGGGGATTCCATTCTTGCTGCTTTGGTT
CAATTCTCTTCGACTAAATGTTTACTAGCCAAAGCTGTACAGACGGTTCAATATGAAAATTGCATAATGGTTCTTTTTTTTTAAATGCCCTGCCCCTAAGGTAAGAACGACGAAACCAA
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